file_get_contents() が http接続でファイルを取得してくるとうことは、

ブラウザでアクセスするとの原理は一緒です。

つまり、ページあるいは、ファイルに対してベーシック認証がかけられているとファイルが取得できないということです。

かと言って、一般の接続はお断りしたいような内容だったりする場合、ベーシック認証を外すのは難しいです。